Mikroaaltouuni lämmittää sisällään olevan kappaleen sähkömagneettisilla aalloilla. Aallot synnyttävät sähköisen kentän, joka vaihtaa suuntaa miljardeja kertoja sekunnissa.
Nopeat käänteet saavat niin sanotut polaariset molekyylit, joilla on eri päissä eri sähköinen varaus, liikkumaan. Muun muassa vesimolekyylit ovat polaarisia. Molekyylien liike saa ne lämpenemään.