Staffan basalttipylväät ovat syntyneet noin 60 miljoonaa vuotta sitten, kun maanalainen tulivuori purkautui ja sylki laavaa maanpinnalle.
Sula laava virtasi paikalla jo olleiden hiekkakivi- ja gneissikallioiden sisään.
Saaren kallioperä oli tuolloin 400–1 200 miljoonaa vuotta vanhaa, ja vanha kallio on huokoisempaa kuin laava. Siksi laava pääsi kallioiden sisään.
Myöhemmin hiekkakivi- ja gneissikerrokset ovat rapautuneet tuulen ja sateiden vaikutuksesta.
Niinpä jäljelle ovat jääneet vain basalttipylväät. Niiden ansiosta saari on nykyisin suosittu matkailukohde ja luonnonsuojelualue.