El Niño -ilmiö (eli poika) liittyy toiseen sääilmiöön, joka tunnetaan nimellä La Niña eli tyttö. Nämä ovat päiväntasaajan tienoilla Tyynellämerellä esiintyvän luonnollisen sääsyklin kaksi ääripäätä. El Niño -vuonna merivesi on Etelä-Amerikan länsirannikolla noin 2–3 astetta normaalia lämpimämpää, kun taas La Niña -vuonna vesi on vastaavasti kylmempää.
Pasaatituuliksi kutsutut tuulet työntävät normaalisti jatkuvasti lämmintä pintavettä päiväntasaajan tienoilla idästä länteen. Pasaatituulten nimi tulee luultavasti hollannin sanasta ”pasaat”, joka tarkoittaa läpikäyntiä. Laivat hyötyvät pasaatituulista, sillä ne lyhentävät matka-aikaa idästä länteen.
Pasaatituulet saavat kylmän pohjaveden nousemaan pintaan Etelä-Amerikan länsirannikolla, kun taas lämmin pintavesi aiheuttaa sateita Indonesiassa. Sade nostaa ilmamassoja ylös ja pitää siten yllä pasaatituulia.
Keskimäärin noin joka neljäs vuosi pasaatituulet heikkenevät, ja tuulen puuttuessa lämmin pintavesi päätyy Etelä-Amerikan rannikolle. Tällöin on kyseessä El Niño -vuosi.