Jos eläinlajin koko kanta todella koostuisi vain yhdestä koiraasta ja yhdestä naaraasta, niistä syntyvän populaation selviytymismahdollisuudet olisivat hyvin huonot.
Läheisten sukulaisten, kuten vanhempien ja poikasten tai sisarusten, yhteisten jälkeläisten hedelmällisyys ja elinkelpoisuus olisivat hyvin suurella todennäköisyydellä heikentyneet, sillä ennen pitkää niihin kerääntyisi sairauksia aiheuttavia geenejä.
Geeneistä on erilaisia muotoja, joista osa voi olla vahingoittuneita. Normaalisti vanhemmilla, jotka eivät ole lähisukulaisia, on geeneistä eri muodot.
Tällöin jälkeläinen saa todennäköisesti ainakin toiselta vanhemmaltaan terveen geenimuodon, joka yleensä syrjäyttää toisen vanhemman mahdollisen viallisen geenin.
Viallinen geeni altistaa dalmatiankoiran virtsatiekiville
Geenivika saa dalmatiankoiran erittämään liikaa virtsahappoa, mikä aiheuttaa virtsatiekiviä. Sairaus voi siirtyä pennuille, vaikka se ei aiheuttaisi oireita vanhemmilla.
Sininen: Terve virtsahapon erittymistä ohjaava geeni
Punainen: Viallinen virtsahapon erittymistä ohjaava geeni
Viallliset geenit päätyvät samaan yksilöön
Yksilö, jolla on yksi terve ja yksi viallinen geenimuoto, on niin sanottu heterotsygootti. Jos kaksi heterotsygoottia lisääntyy keskenään, keskimäärin joka neljäs jälkeläinen saa viallisen sairautta aiheuttavan geenimuodon molemmilta vanhemmiltaan.
Kun kanta on pieni, on hyvin todennäköistä, että kaksi heterotsygoottia päätyy lisääntymään.
Sisäsiittoisuuden ongelmia joudutaan pohtimaan muun muassa eläintarhoissa ja koirarotujen jalostuksessa, kun uusia rotuja tai populaatioita kasvatetaan pienestä yksilömäärästä.
Joillakin koiraroduilla, kuten dalmatiankoiralla, sisäsiittoisuus on johtanut esimerkiksi virtsatiekiviä aiheuttavan geenin yleistymiseen.