Geeneistä on erilaisia muotoja, joista osa voi olla vahingoittuneita. Normaalisti vanhemmilla, jotka eivät ole lähisukulaisia, on geeneistä eri muodot.
Tällöin jälkeläinen saa todennäköisesti ainakin toiselta vanhemmaltaan terveen geenimuodon, joka yleensä syrjäyttää toisen vanhemman mahdollisen viallisen geenin.
Viallliset geenit päätyvät samaan yksilöön
Yksilö, jolla on yksi terve ja yksi viallinen geenimuoto, on niin sanottu heterotsygootti. Jos kaksi heterotsygoottia lisääntyy keskenään, keskimäärin joka neljäs jälkeläinen saa viallisen sairautta aiheuttavan geenimuodon molemmilta vanhemmiltaan.
Kun kanta on pieni, on hyvin todennäköistä, että kaksi heterotsygoottia päätyy lisääntymään.
Sisäsiittoisuuden ongelmia joudutaan pohtimaan muun muassa eläintarhoissa ja koirarotujen jalostuksessa, kun uusia rotuja tai populaatioita kasvatetaan pienestä yksilömäärästä.
Joillakin koiraroduilla, kuten dalmatiankoiralla, sisäsiittoisuus on johtanut esimerkiksi virtsatiekiviä aiheuttavan geenin yleistymiseen.